Ph.D. en Filosofía por la KU Leuven (Bélgica), Posdoctorado como Visiting Scholar en la Universidad de Pittsburgh (EE.UU.); Postdoctorado como Visiting Research Professor en la Catholic University of America (Washington, D.C.), Academic Visitor, Facultad de Filosofía, Universidad de Cambridge (Inglaterra). Profesor Titular, Facultad de Medicina, Universidad El Bosque. Doctor Honoris Causa, Universidad de Timisoara (Rumania), 2015. Doctor Honoris Causa, otorgado por la Universidad Nacional del Altiplano (Puno, Perú (2019). Doctor honoris causa por El Colegio de Morelos (México), 2022. El CEDES de la Universidad Autónoma del Estado de México (UAEM) en el marco del Doctorado en Sostenibilidad crea la Cátedra “Carlos Eduardo Maldonado” en Complejidad y Sostenibilidad (2019). El Colegio de Morelos, México, decide que el Centro de Investigaciones y Academia de Complejidad lleve el nombre de “Carlos Eduardo Maldonado”, 2020. El Colegio de Morelos crea la Cátedra en Complejidad Carlos Eduardo Maldonado, 2021.

Ha sido reconocido con la “Distinción al Mérito”, por la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, Perú, por sus contribuciones a la filosofía y a la complejidad (2008). Socio Honorario del Instituto del Pensamiento Complejo Edgar Morin (IPCEM, Perú). Miembro del Consejo Nacional Asesor de la Red Colombiana de Nanotecnología. Premio Portafolio, Mención de Honor Categoría Mejor Docente (2008). “Profesor Distinguido”, por la Universidad del Rosario (2009). Título Honorífico: Profesor Visitante Distinguido, Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua, Managua (UNAN-Managua), 2017. “Reconocimiento internacional por excelsa trayectoria como investigador”, otorgado por la UTPL (Ecuador), en el marco del Congreso Mundial “Metamorfosis de las ciencias sociales y humanidades”. Premio Internacional Agencia Prensamérica Internacional “Dr. Zenovio Zaldivia”, Categoría: Filosofía y Complejidad, Guayaquil, 2018. “Visitante Distinguido”, Distinción otorgada por el Consejo Municipal de la ciudad de Quetzaltenango, Guatemala, por propuesta de la Universidad de San Carlos, 2018. Elegido “Investigador de Impacto” por concurso del Concytec (Perú) para visitar como investigador la Universidad Nacional de San Agustín de Arequipa, Perú (2019), como “reconocimiento por la reconocida trayectoria de investigación a nivel internacional”. En 2020 la Comunidad de Pensamiento Complejo crea la Biblioteca Carlos Maldonado “tributo al filósofo colombiano Carlos Eduardo Maldonado. Investigador Senior, Colciencias (2014-). Senior Member, IEEE. Índice h actual: 38.